Położony w Nowej Hucie, początkowo przemysłowej dzielnicy Krakowa, Hutnik został założony w 1950 roku. Nazwa klubu, Hutniczy Klub Sportowy "Hutnik" wskazuje na to jaka branża stała za nowopowstałym klubem. Huta Stali im. Włodzimierza Lenina była początkowo dobrodziejem Hutnika. W początkach swojego istnienia Hutnik zasłynął znakomitą pracą z młodzieżą, czego efektem był tytuł Mistrza Polski Juniorów wywalczony w 1985 roku. W tym samym czasie seniorska drużyna z Suchych Stawów (jak potocznie nazywany jest stadion Hutnika) występowała na zapleczu ekstraklasy, raz po raz pukając do jej bram. Udało się to na początku lat dziewięcdziesiątych, kiedy też Hutnik święcił największe triumfy na arenie ogólnopolskiej. Do sukcesów w piłce młodzieżowej (cykliczne medale Mistrzostw Polski Juniorów) doszły sukcesy w ekstraklasie. W sezonie 1995/1996 Hutnik zajął trzecie miejsce w Ekstraklasie i pierwszy raz w historii awansował do europejskich pucharów. W Pucharze UEFA, po brawurowym wyeliminowaniu azerskiego przeciwnika, zespołem nie do przeskoczenia dla Krakowian okazało się francuskie Monaco. W I lidze Hutnik występował przez 7 sezonów, następnie kilka lat utrzymywał się w drugoligowym peletonie. Obecnie walczy o przeżycie znajdując się w kryzysowej sytuacji finansowej.